Provinsi Papua dulu mencakup seluruh wilayah papua bagian barat, sehingga sering disebut sebagai Papua Barat terutama oleh Organisasi Papua Merdeka (OPM), para Nasionalis yang ingin memisahkan diri dari Indonesia dan membentuk negara sendiri. Pada masa pemerintahan kolonial Hindia-Belanda, wilayah ini dikenal sebagai Nugini Belanda (Nederlands New Guinea atau Dutch New Guinea). Setelah berada dibawah penguasaan Indonesia, wilayah ini dikenal sebagai provinsi Irian Barat sejak tahun 1969 hingga 1973. Namanya kemudian diganti menjadi Irian Jaya oleh Soeharto pada saat meresmikan tambang tembaga dan emas freeport, nama yang tetap digunakan secara resmi hingga tahun 2002.
Nama provinsi ini diganti menjadi Papua sesuai dengan UU No. 21 Tahun 2001 tentang otonomi khusus Papua. Pada tahun 2004, disertai oleh berbagai protes, papua dibagi menjadi 2 provinsi oleh pemerintah Indonesia : Bagian timur tetap memakai nama Papua, sedangkan bagian baratnya menjadi Provinsi Irian Jaya Barat (Setahun kemudian menjadi Papua Barat). bagian timur inilah yang menjadi wilayah provinsi Papua pada saat ini. Kata Papua sendiri berasal dari bahasa Melayu yang berarti rambut keriting, sebagian gambaran yang memacu pada penampilan fisik suku-suku asli